Dựa trên cơ sở quy chuẩn môi trường, chủ đầu tư xây dựng kinh doanh và hạ tầng KCN xây dựng nội quy cụ thể về nước thải, khí thải, chất thải rắn áp dụng cho các khách hàng trong KCN. Các doanh nghiệp thuê đất tại KCN đều phải tuân thủ các quy định về xử lý nước thải sơ bộ.

Tại các tuyến cống thu gom nước thải từ các nhà đầu tư, cần có các giếng thăm cho phép tiếp cận và lấy mẫu, quan trắc lưu lượng và chất lượng nước thải từ các nhà máy trong KCN. Chủ đầu tư hạ tầng KCN cần thỏa thuận rõ ràng với các nhà thầu về chất lượng nước đầu vào trạm XLNT, các biện pháp kiểm tra, xử lý sự cố. Các doanh nghiệp định kỳ báo cáo kết quả quan trắc kiểm soát chất lượng nước thải, khí thải, tình hình quản lý chất thải rắn và chất thải nguy hại cho cơ quan quản lý môi trường địa phương và gửi báo cáo cho đơn vị quản lý hạ tầng KCN. Tiến hành kiểm tra định kỳ 2 lần/năm toàn bộ hệ thống thoát nước, xử lý nước thải của các doanh nghiệp, để có thông tin và đưa ra các giải pháp xử lý thiết thực.

Các cơ quan quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường cần tập trung đẩy mạnh công tác thông tin, tuyên truyền, nâng cao nhận thức và ý thức của cộng đồng và chủ đầu tư các KCN, CCN, các doanh nghiệp về bảo vệ môi trường, kiểm soát ô nhiễm.

Xây dựng quy trình cụ thể, rõ ràng về trách nhiệm và quyền hạn của lực lượng Cảnh sát Môi trường, sự phối hợp với các cơ quan khác như: Thanh tra, Chi cục Bảo vệ môi trường địa phương, các chế tài xử lý vi phạm. Xây dựng các chương trình, dự án tăng cường năng lực của đội ngũ cán bộ quản lý môi trường một cách dài hạn, bài bản, có hệ thống, kết hợp với trang bị các phương tiện và thiết bị phù hợp phục vụ quan trắc ô nhiễm nước thải công nghiệp. Ứng dụng các công nghệ hiện đại trong quan trắc môi trường, cảnh báo và phát hiện sự cố ô nhiễm như GIS, SCADA…